根据《通知》，特色小镇培育工作的基本原则是“三个坚持”，即坚持突出特色、坚持市场主导、坚持深化改革。坚持突出特色，就要从当地经济社会发展实际出发，发展特色产业，传承传统文化，注重生态环境保护，完善市政基础设施和公共服务设施，防止千镇一面，防止一哄而上。坚持市场主导，就要尊重市场规律，充分发挥市场主体作用，政府重在搭建平台、提供服务，防止大包大揽，同时要以产业发展为重点，依据产业发展确定建设规模，防止盲目造镇。坚持深化改革，就要加大体制机制改革力度，创新发展理念、发展模式，创新规划建设管理和社会服务管理，推动传统产业改造升级，培育壮大新兴产业，打造创业创新平台，发展新经济。
到2020年，培育1000个左右各具特色、富有活力的休闲旅游、商贸物流、现代制造、教育科技、传统文化、美丽宜居等特色小镇，引领带动全国小城镇建设，不断提高建设水平和发展质量。
对特色小镇的培育，三部委提出了要有特色鲜明的产业形态、要有和谐宜居的美丽环境、要有能够彰显特色的传统文化、要有便捷完善的设施服务、要有充满活力的体制机制5点要求。
三部委负责组织开展全国特色小镇培育工作，明确培育要求，制定政策措施，开展指导检查，公布特色小镇名单等。省级住房城乡建设、发展改革、财政部门负责组织开展本地区特色小镇培育工作，制定本地区指导意见和支持政策，开展监督检查，组织推荐。县级人民政府是培育特色小镇的责任主体，负责制定支持政策和保障措施，整合落实资金，完善体制机制，统筹项目安排并组织推进。镇人民政府负责做好实施工作。
《通知》明确，国家发展改革委等有关部门支持符合条件的特色小镇建设项目申请专项建设基金，中央财政对工作开展较好的特色小镇给予适当奖励。
特色小镇原则上为建制镇（县城关镇除外），优先选择全国重点镇。三部委依据各省小城镇建设和特色小镇培育工作情况，逐年确定各省推荐数量。省级住房城乡建设、发展改革、财政部门按推荐数量，于每年8月底前把达到培育要求的镇向三部委推荐。
